การตรวจสอบภายในของส่วนราชการเกิดขึ้นโดยกระทรวงการคลังนำเสนอคณะรัฐมนตรีให้พิจารณาอนุมัติในหลักการ เมื่อเดือนสิงหาคม 2519 ให้ส่วนราชการที่เป็น กระทรวง ทบวง กรม และเทียบเท่า รวมถึงจังหวัด มีตำแหน่งอัตรากำลังของผู้ตรวจสอบภายในเพื่อทำหน้าที่ตรวจสอบภายในของส่วนราชการ โดยมอบหมายให้สำนักงาน ก.พ. เป็นผู้พิจารณามาตรฐานคุณสมบัติของตำแหน่งผู้ตรวจสอบภายใน ขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการ เป็นข้าราชการประจำทุกส่วนราชการ

          กระทรวงการคลังได้กำหนดมาตรฐานและปรับปรุงระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการหลายฉบับ เพื่อให้เหมาะสมชัดเจนยิ่งขึ้นตามภาวการณ์ที่เปลี่ยนแปลงไป ในปัจจุบันใช้ระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ  พ.ศ. 2551 และมีระเบียบคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินว่าด้วยการปฏิบัติหน้าที่ของผู้ตรวจสอบภายใน พ.ศ. 2546 เป็นกลไกอย่างหนึ่งในการติดตามกระบวนการควบคุมภายในขององค์กรอยู่ในระดับที่สมเหตุสมผลและเหมาะสมส่งผลให้สามารถลดความเสี่ยงที่จะทำให้ไม่สามารถบรรลุวัตถุประสงค์ลงได้ อีกทั้งยังมีระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการตรวจสอบและประเมินผลภาคราชการ พ.ศ.2548 มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 12 มีนาคม 2548 เพื่อเสริมสร้างความเข้มแข็งของการกำกับดูแลและควบคุมตนเองที่ดีของส่วนราชการ เพิ่มคุณค่าให้กับองค์กร

          การตรวจสอบภายในได้พัฒนาอย่างต่อเนื่อง ปัจจุบันผู้ตรวจสอบภายในไม่ได้มีหน้าที่เพียงการตรวจสอบทางด้านการเงิน การบัญชี การปฏิบัติตามระเบียบ ยังมีหน้าที่ตรวจสอบด้านการดำเนินงาน (Performance Audit) และการตรวจสอบระบบงานสารสนเทศ (IT Audit) รวมทั้งการบริการให้ความเชื่อมั่น (Assurance Services) และบริการให้คำปรึกษา (Consulting Services) อย่างเที่ยงธรรมและเป็นอิสระ เพื่อเพิ่มคุณค่าและปรับปรุงการดำเนินงานขององค์กร

          มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์  มีหน่วยตรวจสอบภายในเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 16 มิถุนายน 2521   เริ่มแรกมีบุคลากร จำนวน 2 คน เป็นข้าราชการตำแหน่งเจ้าหน้าที่ตรวจสอบภายใน ปัจจุบันมีเจ้าหน้าที่ปฏิบัติงานเต็มเวลา จำนวน 13 คน ประกอบด้วย นักตรวจสอบภายใน จำนวน 10 อัตรา  ผู้ปฏิบัติงานบริหาร จำนวน 2 อัตรา และมีนักตรวจสอบภายในชำนาญการพิเศษ เป็นหัวหน้าสำนักงานตรวจสอบภายใน

          คณะกรรมการการอุดมศึกษาในการประชุมครั้งที่ 1/2550 เมื่อวันที่ 4 มกราคม 2550 มีมติเสนอแนะให้สภาสถาบันอุดมศึกษาทั้งของรัฐและเอกชนทุกแห่งจัดให้มีคณะกรรมการการตรวจสอบประจำสถาบันอุดมศึกษาขึ้น โดยมีหน้าที่และความรับผิดชอบในการจัดวางระบบและดำเนินการป้องกันความเสี่ยง โดยให้มีระบบการตรวจสอบภายใน การควบคุมภายใน และการบริหารความเสี่ยง ระบบการตรวจสอบการบริหารจัดการ เพื่อให้สภาสถาบันอุดมศึกษาใช้เป็นแนวทางในการบริหารนโยบาย กำกับดูแลเชิงนโยบายตามบทบาทและภารกิจให้เหมาะสมกับสภาพการณ์ของแต่ละสถาบันอุดมศึกษา โดยคณะกรรมการประกอบด้วย กรรมการสภาสถาบันอุดมศึกษาและผู้ทรงคุณวุฒิภายนอก จำนวน 3-5 คน และให้สำนักงานตรวจสอบภายในทำหน้าที่เลขานุการและปฏิบัติงานด้านธุรการของคณะกรรมการตรวจสอบประจำสถาบันอุดมศึกษา และรายงานผลการดำเนินงานต่อสภาสถาบันอุดมศึกษา